しまった。

NTBackup on Windows（VMwareゲスト）
↓
Samba on CentOS（VMwareホスト）
↓
外付けHDD（FAT32）

という構成でバックアップを取ろうと思っていたんだけれど、外付けHDDはFAT32なので4GBまでのサイズのファイルしか置けないことに気付いた。リカバリの際に様々なマシンからファイルが読めるようにフォーマットをFAT32にしたのが仇になった。
回避策として次の2種類を考える。

1. 外付けHDDのフォーマットをNTFSにする
2. 外付けHDDのフォーマットをext2/3にする

1の利点はWindows2000以上のマシンで読めることだ。欠点はLinuxからNTFSへの書き込みが安定しているかわからないことだ。毎日大量のデーターを書き込むため、書き込みの安定性は重要だ。
2の利点はLinuxネイティブなので書き込みが安定していると思われることだ。欠点は、Windowsから読むにはExplorer2fsなどのソフトを入れる必要があるということだ。しかし、たとえソフトを入れてもファイル名に日本語が入ったファイルを扱うことはできない。外付けHDDはバックアップ用としてSambaで公開しているので、日本語ファイル名を持つファイルが書き込まれる可能性がある。

まとめると：

フォーマット	利点	欠点
NTFS	Windows2000以上のマシンで読める	書き込みが安定しているかわからない
ext2/3	書き込みが安定している	Windowsから読むにはソフトを入れる必要がある。日本語ファイル名は使えない

となる。私の使い方ではext2/3の方が有利だと思う。しかし、どちらを選んでも不満が残る。バックアップシステムを根本的に考え直す必要があるかもしれない。